Outre ces deux grands ensemble de dispositions concernant les espèces et les espaces, le Protocole SPAW comporte également un certain nombre de dispositions transversales, parmi lesquelles :
- la mise en place d’études d’impact dans le cas de projets et activités pouvant avoir un effet notable sur l’environnement ;
- la possibilité de dérogation aux obligations du Protocole dans le cas d’activités traditionnelles ;
- le principe d’inventaires des zones et espèces protégées au titre de SPAW, le développement de la recherche scientifique et technique sur ces zones et espèces, et l’échange d’informations entre les Parties au sujet de leurs programmes de recherche ou de suivi ainsi que, autant que possible, la coordination de ces programmes.
- Enfin, le protocole établit le principe d’élaboration en concertation de mesures, critères et lignes directrices correspondant à ses différents objectifs.